So fangen wir mal an, ich mußte gerade kurz einpaar dateien aus 2 Verzeichnissen abgleichen mein erster Einfall war das hier:
root@server:/usr/local/nagios-x64/libexec# for i in *; do [[ -f ../../nagios/libexec/$i ]] || echo "$i not available"; done check_http_status not available check_md not available check_memory not available check_smart not available root@server:/usr/local/nagios-x64/libexec#
Ist eigentlich ganz geschmeidig 
man könnte es natürlich auch mit rsync –dry-run machen oder 2 Textfiles und diff, die Möglichkeiten sind unendlich 